Das archäologische Gebiet der Häfen des Claudius und Trajans hat eine starke naturalistische Konnotation, die sich sowohl in der Vegetation als auch in der Fauna widerspiegelt. Portus stellt aufgrund seiner besonderen Lage ein vollständiges Ökosystem dar: ein weitläufiges Gebiet - noch weitläufiger, wenn man die angrenzende Porto-Oase mit dem Lago di Traiano mit einbezieht - in der Nähe des Fiumicino-Kanals und in einem wenig besiedelten territorialen Kontext. In Portus leben die für Sumpfgebiete und Kanäle typischen Tiere wie Nutrias, Wasserschlangen, Sumpfschildkröten, Laubfrösche, Teichhühner, Seidenreiher und Graureiher. In den Wäldern leben Vögel wie Rotkehlchen, Meisen, Grünspechte, Bussarde und Fasane sowie große Säugetiere: Eine Familie von Damhirschen lebt in der Gegend und bevorzugt vor allem die Umgebung der Basilika und des Kaiserpalastes. Es sind auch Stachelschweine und Füchse vorhanden. Schließlich mangelt es auch nicht an den für Ruderalgebiete typischen Tieren, die in den archäologischen Überresten einen idealen Lebensraum gefunden haben: Eidechsen, Geckos, Wiesel, Zaunkönige, Fledermäuse.
. Fuchs
Damhirsch
Nutria
. Fasan
Graureiher