La cimentación de los Almacenes de Trajano se presenta como una plataforma sólida y uniforme que se eleva a más de un metro por encima del antiguo nivel del mar. Extremadamente anchos y profundos, los cimientos – que se construían vaciando primero el hormigón dentro de unos encofrados de madera hasta alcanzar el nivel del piso y luego elevándolos con un paramento en obra reticulada de toba – presentan características típicas de los procesos de construcción de época claudia. La solidez de esta malla de cimientos explica porqué la planta original de este monumento se ha conservado a través de los siglos.