El área arqueológica de los puertos de Claudio y de Trajano posee una fuerte connotación naturalista que se aprecia con toda claridad tanto en los aspectos relativos a la vegetación como a lo que se refiere a la fauna. Por su particularidad, Portus constituye un ecosistema completo: se trata de una gran área – más aún si se incluye el Oasis de Porto contiguo y el Lago de Trajano – cerca del Canal de Fiumicino enclavada en un contexto territorial muy poco antropizado. En Portus cohabitan los animales típicos de las zonas de esteros y canales como las nutrias, las culebras de collar, las tortugas de estanques, las ranas de árbol, las gallinetas comunes, las garcetas y garzas reales. Las zonas de bosque están pobladas de pájaros y aves como el petirrojo, el carbonero, el pito real, el ratonero común y el faisán, aunque también hay mamíferos de gran tamaño, pues hay una familia de gamos que vive en la zona y suele rondar por los alrededores de la basílica y del Palacio Imperial. También hay puercoespines y zorros. Por último no faltan los animales típicos de las áreas con ruinas que han encontrado su hábitat natural entre las piezas arqueológicas, como los lagartos, las salamanquesas, las comadrejas o los chochines y murciélagos.
Zorro
Gamo
Nutria
Faisán
Garza real