El Príncipe Giovanni Torlonia influyó sensiblemente en la caracterización de la vegetación de este enclave a partir de los años 20 del siglo pasado. Además de la repoblación de la mayoría de los pinos que vemos hoy día, en los años sucesivos se plantaron, sobre todo en los terrenos alrededor del Caserío, numerosos árboles frutales ya desaparecidos; las únicas líneas estéticas y geométricas todavía visibles son las de la hilera de Platanus ibrida que conduce al Palacio Imperial, la de los Cupressus sempervirensen la zona del Caserío y las de losPinus pinea y Quercus ilex, que se extienden a lo largo del muelle de los Almacenes de Trajano y alrededor de la dársena. La plantación más reciente es la hilera de Eucalyptus globulus que corre pareja a la valla, en la entrada del área arqueológica. La vegetación espontánea nace sobre todo a lo largo de los canales de descarga del Lago de Trajano y en la dársena. Aquí, además de las plantas palustres, utilizadas por las aves migratorias para nidificar, encontramos laureles, viburnos y aladiernas.