La zone située entre le quai et le Portico di Claudio (Portique de Claude) fut occupée, au moins à partir du IIe siècle ap. J.-C., par des bâtiments principalement destinés à l'entreposage. Dans la partie occidentale des murs (dite Antemurale), on trouve les vestiges d'au moins deux entrepôts, reconstruits entre la seconde moitié du IVe et la seconde moitié du Ve siècle ap. J.-C., dont la présence témoigne du rôle fondamental joué par Portus encore à cette époque. Ils se trouvaient à proximité d'un important édifice public, le Porticus Placidiana, érigé en 425 ap. J.-C. sur la rive nord de la Fossa Traiana ; leur emplacement près du canal témoigne du déplacement progressif des activités portuaires vers la Fossa Traiana au début du Moyen Âge.