Vers 430, l'édifice prit la forme canonique d’une basilique, avec l'ajout d'une abside semi-circulaire sur le côté ouest. Entre la seconde moitié du Ve siècle et le milieu du VIe siècle ap. J.-C., d'importantes modifications furent apportées : le prolongement des colonnades, la construction d'une nouvelle façade et le réaménagement de l'espace liturgique. Au VIIIe siècle ap. J.-C., des fonts baptismaux furent placés dans la nef gauche. Le début du Moyen Âge marqua le début des pratiques sépulcrales à l'intérieur de la basilique. Entre la fin du XIe et le début du XIIe siècle, des travaux de consolidation des structures porteuses furent effectués et l'espace presbytéral fut modifié. Au XIVe siècle, à la suite d’une phase d'abandon et des premiers phénomènes de spoliation, une grande partie des maçonneries s'effondra.
Reconstitution hypothétique de la décoration picturale du mur périphérique ouest
(G. Bordi, V. Valentini)
Reconstitution hypothétique de l’aspect extérieur de la basilique au début du VIe siècle ap. J.-C.
(G. Irace, R. Loreti)