La basilique paléochrétienne se dresse dans un secteur densément bâti de la ville, entre le bassin hexagonal, le canal transversal, la Via Portuense et la Fossa Traiana. Sa construction est la dernière étape d'un processus graduel de transformation de complexes préexistants, construits à partir du milieu du Ier siècle. Au cours du IVe siècle ap. J.-C., un bâtiment résidentiel avec des sols en mosaïque et en opus sectile a d’abord été construit, pour être ensuite transformé avec la construction d'une grande salle pavée de mosaïques, probablement déjà destinée au culte chrétien à cette époque, divisée en trois nefs par deux rangées de huit colonnes.