Probablement construit entre 110 et 117 ap. J.-C. par l'empereur Trajan afin de sécuriser l'accostage des navires et d'accroître l'activité du port, le bassin hexagonal, peut-être conçu par Apollodore de Damas, fut creusé dans la terre ferme à l'est du port de Claude préexistant. L'agrandissement des structures portuaires entraîna le creusement du Canale Romano, qui reliait la Fossa Traiana, datant de l'époque claudienne, au Tibre. Le bassin s'étendait sur 32 hectares, chaque côté de l'hexagone mesurant 358 mètres de long. Le fond du bassin était pavé et les berges construites en talus, afin d'atténuer la houle. De grands blocs de travertin perforés ont été encastrés dans les quais pour permettre l’amarrage des navires.