La zone archéologique des Ports de Claude et de Trajan a une grande valeur environnementale qui se manifeste aussi bien au niveau de la flore que de la faune. Portus constitue un écosystème complet, grâce à sa condition particulière : une vaste zone - encore plus vaste si l'on considère aussi l'Oasi di Porto (Oasis de Portus) avec le Lago di Traiano (Lac de Trajan) - proche du canal de Fiumicino et située dans un contexte territorial faiblement anthropisé. À Portus cohabitent les animaux typiques des zones marécageuses et des canaux, comme les ragondins, les serpents d'eau, les tortues des marais, les rainettes, les poules d'eau, les aigrettes garzettes et les hérons cendrés ; les zones boisées abritent des oiseaux comme le rouge-gorge, la mésange charbonnière, le pic vert, la buse et le faisan, mais aussi de grands mammifères : une famille de daims vit dans cet espace, avec une prédilection pour la zone de la basilique et du Palazzo Imperiale (Palais Impérial). Des porcs-épics et des renards sont également présents. Enfin, les animaux typiques des zones rudérales, qui ont trouvé dans les vestiges archéologiques un habitat idéal, ne manquent pas : lézards, geckos, belettes, troglodytes et chauves-souris.
Renard
Daim
Ragondin
Faisan
Héron cendré