Le prince Giovanni Torlonia a considérablement influencé la caractérisation de la végétation du site à partir des années 1920. Outre la plantation de la plupart des pins que l’on voit aujourd'hui, de nombreux arbres fruitiers, aujourd'hui disparus, furent plantés dans les années qui ont suivi, notamment sur les terres entourant le Casale ; les seules lignes esthétiques et géométriques reconnaissables aujourd'hui sont celles de la rangée de Platanus ibrida menant au Palazzo Imperiale (Palais Impérial), des Cupressus sempervirens dans la zone du Casale et celles des Pinus pinea et Quercus ilex qui poussent le long du quai des Magazzini Traianei (Entrepôts de Trajan) et autour de la darse. La plantation la plus récente est la rangée d'Eucalyptusglobulus le long de la clôture à l'entrée de la zone archéologique. On trouve une végétation spontanée principalement le long des canaux d'évacuation du Lago di Traiano (Lac de Trajan) et dans la darse : ici, les plantes des marais, qui constituent également un lieu de nidification pour les oiseaux migrateurs, alternent avec les lauriers, les viornes et les alaterniums.
Végétation des marais à l’intérieur de la Darsena
Chêne
Un pin poussant sur les structures archéologiques
Cyprès situé face au belvédère des Magazzini Severiani
Rangée d’eucalyptus