La rete di fondazioni dei Magazzini Traianei si presenta come una piattaforma solida e uniforme, sollevata di oltre un metro sopra l’antico livello del mare. Estremamente larghe e profonde, le fondazioni - prima costruite in opera cementizia in casseforme di legno fino a raggiungere il livello di calpestio, poi rialzate con un paramento in opera reticolata di tufo - presentano le caratteristiche costruttive tipiche dei cantieri di età claudia. La solidità di questa rete di fondazioni spiega perché questo monumento ha sempre conservato la planimetria originale attraverso i secoli.