La basilica paleocristiana sorge in un settore della città densamente edificato, racchiuso tra il bacino esagonale, il canale trasverso, la via Portuense e la Fossa Traiana. La sua costruzione è l’ultimo stadio di un graduale processo di trasformazione di complessi preesistenti, costruiti dalla metà del I secolo d.C. Nel corso del IV secolo d.C. viene realizzato dapprima un edificio di tipo residenziale con pavimenti in mosaico e opus sectile, che poi viene ulteriormente trasformato con la costruzione di un’ampia aula pavimentata a mosaico, già in questa fase destinata probabilmente al culto cristiano, suddivisa in tre navate da due file di otto colonne.