Il complesso presenta probabilmente una pianta a C, con i due bracci corti orientati in senso nord-sud e il braccio lungo in senso est-ovest. Il braccio corto orientale è parallelo e adiacente al bacino di Traiano, il secondo lato corto non è più visibile. Il complesso si articolava su tre piani. Sul braccio lungo al piano terra, su un corridoio largo 4,50 metri coperto da volte a crociera, si aprono ambienti a pianta quadrangolare, modulari, coperti da volte a crociera in muratura, con ingressi caratterizzati da stipiti e archi in laterizi. Sul lato breve gli ambienti affacciati sul corridoio sono lunghi e stretti, alternati a rampe per salire al piano superiore. I Magazzini Severiani sono in stretta connessione con il complesso del Palazzo Imperiale, collegato a essi attraverso un passaggio voltato.