La Darsena è un vasto bacino rettangolare delimitato su tre lati dai Magazzini Traianei. Già prevista nell’originario progetto del porto di Claudio con funzione di bacino interno, ha conosciuto almeno due grandi fasi costruttive: la prima in epoca claudio-neroniana (42-68 d.C.), testimoniata dal rinvenimento di un bollo laterizio nelle più antiche strutture delle banchine; la seconda in età severiana (193-235 d.C.), quando i colonnati dei portici dei magazzini vengono chiusi per aumentare le capacità di stoccaggio del complesso e la banchina viene notevolmente ampliata lungo tutto il perimetro. La profondità del bacino è stimata intorno agli 8 metri, ma non è stato possibile stabilire se il fondo fosse pavimentato, come nel caso del bacino esagonale e della Fossa Traiana. Le sponde, analogamente al porto di Traiano, erano costruite “a scarpa”, al fine di attenuare il moto ondoso. La Darsena era destinata ad accogliere imbarcazioni di pescaggio ridotto ed era utilizzata verosimilmente come rimessaggio delle naves caudicariae (chiatte destinate alla navigazione fluviale).