Il Principe Giovanni Torlonia ha influenzato sensibilmente la caratterizzazione vegetazionale del sito a partire dagli anni ‘20 del secolo scorso. Oltre alla messa a dimora della gran parte dei pini oggi presenti, negli anni a seguire furono impiantati soprattutto nei terreni intorno al Casale numerosi alberi da frutto, oggi non più presenti; le uniche linee estetiche e geometriche attualmente riconoscibili sono quelle del filare di Platanus ibrida che conduce al Palazzo Imperiale, dei Cupressus sempervirens nella zona del Casale e quelle dei Pinus pinea e Quercus ilex, che si sviluppano lungo la banchina dei Magazzini Traianei e intorno alla Darsena. L’impianto più recente è il filare di Eucalyptus globulus lungo la recinzione all’ingresso dell’area archeologica. La vegetazione spontanea è localizzata soprattutto lungo i canali di scarico del Lago di Traiano e nella Darsena: qui alle piante palustri, che peraltro costituiscono luogo di nidificazione per gli uccelli migratori, si alternano allori, viburni e alaterni.