Het havenbassin is een enorm rechthoekig bekken dat aan drie zijden wordt begrensd door de Magazzini Traianei. Het havenbassin was al voorzien in het oorspronkelijke project van de haven van Claudius met de functie van intern bassin en kende ten minste twee grote bouwfasen: de eerste in de periode van Claudius en Nero (42-68 n.Chr.), wat blijkt uit de vondst van een baksteenmerk in de oudste structuren van de kades; de tweede in de Severische periode (193-235 n.Chr.), toen de zuilengalerijen van de pakhuisportico's werden dichtgemetseld om de opslagcapaciteit van het complex uit te breiden en ook de kade langs de hele omtrek aanzienlijk werd vergroot. De diepte van het bassin wordt geschat op ongeveer 8 meter, maar of de bodem geplaveid is, zoals bij het zeshoekige bassin en de Fossa Traiana, kon niet worden vastgesteld. De oevers waren glooiend -"a scarpa" - net als die van de haven van Trajanus en dus gebouwd om de golfbeweging te verminderen. Het havenbassin diende voor boten met geringe diepgang en werd waarschijnlijk gebruikt als opslagplaats voor de naves caudicariae (schuiten bedoeld voor riviervaart).