Het archeologische gebied van de havens van Claudius en Trajanus heeft een sterk naturalistisch karakter voor wat betreft zowel de vegetatie als de fauna. Portus vormt dankzij zijn bijzondere ligging en situatie een compleet ecosysteem. Het is een heel uitgestrekt gebied dat zelfs nog groter wordt als we ook de aangrenzende Oasi di Porto meetellen, met het meer van Trajanus – vlakbij het Fiumicino-kanaal, in een nauwelijks vermenselijkte territoriale context. In Portus vinden we de typische fauna van drassige gebieden en kanalen, zoals beverratten, waterslangen, moerasschildpadden, boomkikkers, waterhoentjes, kleine zilverreigers en blauwe reigers en de bosrijke gebieden zijn de thuisbasis van vogels zoals het roodborstje, de koolmees, de groene specht, de buizerd en de fazant, maar ook van grote zoogdieren: een familie van damherten leeft in het gebied, met name in het gebied van de basiliek en het Keizerlijk Paleis. We vinden er ook stekelvarkens en vossen. Ten slotte ontbreken ook de typische ruïnebewoners niet die tussen de archeologische overblijfselen hun ideale leefgebied hebben gevonden, zoals hagedissen, gekko's, wezels, winterkoninkjes, vleermuizen.