Prins Giovanni Torlonia heeft sinds de jaren 20 de vegetatie van de locatie aanzienlijk beïnvloed. Naast de aanplant van de meeste pijnbomen die tegenwoordig aanwezig zijn, werden in de daaropvolgende jaren vooral rondom de Casale veel inmiddels verdwenen fruitbomen geplant; de enige momenteel herkenbare esthetische en geometrische lijnen zijn die van de rij van Platanus ×hybrida die naar het Keizerlijk Paleis leidt, van de Cupressus sempervirens in het Casale-gebied en die van de Pinus pinea en Quercus ilex, langs de kade van de Magazzini Traianei en rondom het havenbassin. De meest recente aanplant is de rij van Eucalyptus globulus langs het hek bij de ingang van het archeologisch gebied. Spontane vegetatie vinden we vooral langs de afwateringskanalen van het Meer van Trajanus en in het havenbassin: hier worden de moerasplanten - de broedplaatsen voor trekvogels - afgewisseld met laurier, viburnums en alaternen.
Moerasvegetatie in het havenbassin
Eik
Een dennenboom bovenop de archeologische overblijfselen
Cipres tegenover de Belvedere van de Magazzini Severiani
Rij van eucalyptusbomen