Po okresie klaudyjskim miały miejsce dwa kolejne etapy rozbudowy obiektu, datowane na lata rządów Antoninów i Sewerów, chociaż zidentyfikowano również prace z okresu późnego antyku, wśród których szczególne znaczenie miało wzniesienie murów miejskich pod koniec V wieku n.e. Za panowania Antoninów dobudowano, wzdłuż Portyku Klaudiusza, nową kondygnację nad komorami magazynowanymi – cellae – oraz rampy, które usprawniły załadunek i rozładunek towarów z górnych składów w trzech krzyżujących się pawilonach. W epoce Sewerów przebudowano natomiast większość komór w trzech budynkach, powiększając przestrzeń magazynową, aby zaspokoić rosnące potrzeby stolicy.
Zabudowa północnego frontu Magazzini Traianei z filarami z epoki Sewerów i późnoantycznymi murami
(fot. École française de Rome)
Jedna z ramp prowadzących na wyższą kondygnację
(fot. École française de Rome)
Późnoantyczny grób wykuty w jednej z komór magazynowych
(fot. École française de Rome)
Przekrój rekonstrukcyjny wschodnio-zachodniego korpusu budynku ukazujący rampy i urządzenia dźwigowe
(fot. École française de Rome)
Przejście na wyższą kondygnację
(fot. École française de Rome)
Kolumnada Portyku Klaudiusza włączona do obiektu podczas przebudowy za rządów Sewerów