Obszar archeologiczny wokół portów Klaudiusza i Trajana to bogate zbiorowisko natury, obejmujące zarówno roślinność jak i faunę. Dzięki panującym tu szczególnym warunkom Portus gości rozwinięty ekosystem. Rozległy teren wokół kanału Fiumicino – jeszcze rozleglejszy, jeśli wziąć pod uwagę sąsiadującą z nim Oazę Porto z Jeziorem Trajana – jest w niewielkim stopniu zantropizowany. W Portus żyją zwierzęta typowe dla bagien i kanałów, takie jak: nutrie, zaskrońce, żółwie błotne, rzekotki drzewne, kokoszki zwyczajne, czaple nadobne i czaple siwe. Wśród ptactwa występującego na terenach zalesionych można spotkać rudziki, bogatki, dzięcioły zielone, myszołowy i bażanty, ale także duże ssaki. Obok rodziny danieli, która upodobała sobie okolice bazyliki i Palazzo Imperiale, żyją tu również jeżozwierze i lisy. Nie brakuje też jaszczurek, gekonów, łasic, wron i nietoperzy, które znalazły swoje idealne siedlisko na terenach ruderalnych, wśród archeologicznych reliktów i pozostałości po dawnych budowlach.
Lis
Daniel
Nutria
Bażant
Czapla siwa