A rede de fundações dos Magazzini Traianei apresenta-se como uma plataforma sólida e uniforme, elevada a mais de um metro acima do antigo nível do mar. Extremamente largas e profundas, as fundações - primeiramente construídas em opus caementicium em cofragem de madeira até atingirem o nível do piso, depois sobrelevadas com um paramento em opus reticulatum de tufo - apresentam as características de construção típicas das obras da época Claudiana. A solidez desta rede de fundações explica porque este monumento sempre preservou sua planimetria original ao longo dos séculos.