Na época de Constantino, entre 313 e 314 DC, Portus alcançou plena autonomia administrativa e tomou o nome de civitas Flavia Costantiniana Portuensis. A cidade, sede de uma próspera comunidade cristã, tornou-se diocese. A primeira fase da Basílica Portuense e a construção de armazéns na área de Antemurale são atestadas durante o século IV d.C, enquanto a intensa atividade comercial está documentada até meados do século V d.C.. Por volta de 480 d.C. foi construído um circuito de muralhas defensivas para proteger a parte mais interna do porto dos ataques do mar. No século VI d.C. a bacia de Cláudio já estava em grande parte assoreada, enquanto os armazéns, progressivamente abandonados, foram parcialmente ocupados por sepulturas. Conforme relatado por Procópio de Cesaréia, durante as Guerras Góticas (535-553 d.C.), o porto foi o centro de confrontos violentos entre os Ostrogodos e os Bizantinos, que disputavam o seu controle. Finalmente, com a presença estável dos bizantinos, o Palácio Imperial e as áreas circundantes foram demolidos e o núcleo administrativo da cidade mudou-se para a área em torno da Basílica Portuense, frequentada pelo menos até ao século XIII.
Vista aérea reconstrutiva dos Portos de Cláudio e Trajano na Antiguidade Tardia
(Portus Project/Artas Media)