A área arqueológica dos Portos de Cláudio e Trajano tem uma forte conotação naturalista que é evidente tanto em sua vegetação quanto em sua fauna. Portus constitui um ecossistema completo, graças à sua condição particular: uma vasta área - ainda mais vasta se considerarmos também a adjacente oásis de Portus com o lago de Trajano - próximo ao Canal de Fiumicino e situado em um contexto territorial pouco antropizado. Em Portus coexistem animais típicos das áreas pantanosas e dos canais, como nútrias, cobras de água, cágado-de-carapaça-estriada, rãs arbóreas, galinhas-d'água, garça-pequena-europeia, garça cinzenta; as áreas arborizadas abrigam pássaros, como pintarroxos, chapins, pica-paus verdes, bútios e faisões, mas também de grandes mamíferos: uma família de gamos vive na área, preferindo em particular a área da basílica e do Palácio Imperial. Também há Porcos-espinhos e raposas. Finalmente, não faltam os animais típicos das áreas ruderais, que encontraram seu habitat ideal entre os restos arqueológicos: lagartos, lagartixas, doninhas, carriças e morcegos.
Raposa
Gamo
Nútria
Faisão
Garça cinzenta