O príncipe Giovanni Torlonia influenciou significativamente a caracterização da vegetação local a partir da década de 1920. Além do plantio da maioria dos pinheiros hoje presentes, nos anos seguintes foram plantadas numerosas árvores frutíferas, principalmente nos terrenos ao redor do Casale que hoje já não existem mais. As únicas linhas estéticas e geométricas atualmente reconhecíveis são as da fileira de Platanus híbrido que conduz ao Palácio Imperial, do Cupressus sempervirens na área do Casale e os do Pinus pinea e Quercus ilex, que se desenvolvem ao longo do cais dos Magazzini Traianei e ao redor da doca. A plantação mais recente é a fileira de Eucalyptus globulus ao longo da cerca na entrada da área arqueológica. A vegetação espontânea está localizada sobretudo ao longo dos canais de drenagem do Lago de Trajano e na doca: aqui as plantas do pântano, que também são locais de nidificação de aves migratórias, alternam-se com louros, viburnums e espinheiros.