В эпоху Константина, в 313 - 314 гг. н.э., Портус добился полной административной автономии и получил название civitas Flavia Costantiniana Portuensis. Город, где проживала процветающая христианская община, стал епархией. Первая фаза строительства базилики Портуэнсе и складов в районе Антемурале была задокументирована в IV в. н.э., в то время как активная торговая деятельность - до середины V в. н.э. Около 480 г. н.э. был построен контур оборонительных стен для защиты внутренней части порта от нападений с моря. К VI в. н.э. док Клавдия был в значительной степени заилен, в то время как постепенно заброшенные склады были частично заняты захоронениями. Как сообщает Прокопий Кесарийский, во времена Готских войн (535-553 гг. н.э.) порт был центром ожесточенных столкновений между остготами и византийцами, которые боролись за его контроль. Наконец, во времена стабильного византийского господства, были снесены Императорский дворец и прилегающие участки, а административный центр города переместился в район вокруг базилики Портуэнсе, который был заселен, по крайней мере, до XIII в.
Реконструктивный вид сверху на порты Клавдия и Траяна в позднеантичную эпоху
(Portus Project/Artas Media)
Вид сверху на христианскую базилику Портуса (V-XIII в. н.э.)
Арка Санта-Мария, ворота в позднеантичных городских стенах
(фотография П. Вердуки)
Участок позднеантичной стены Траянских складов возле внутреннего судоходного канала
Позднеантичное захоронение в Навалии
(фотография Portus Project)