Археологическая зона портов Клавдия и Траяна охарактеризована ярко выраженными природными аспектами, что проявляется в характеристиках ее флоры и фауны. Портус, благодаря особому положению, представляет собой всеобъемлющую экосистему: речь идет об обширной территории, расположенной по соседству с каналом Фьюмичино в почти антропогенном территориальном контексте. Территория становится еще более обширной, если учесть прилегающий оазис Порта с озером Траяна. В Портусе мирно уживаются представители животного мира, обычно населяющие болотистые местности и каналы, такие как нутрии, водяные змеи, болотные черепахи, древесные лягушки, мавры, цапли и серые цапли; в лесистой местности обитают птицы, как малиновки, большие синицы, зеленые дятлы, канюки и фазаны, а также крупные млекопитающие. В районе базилики и Императорского Дворца живет семейство ланей, здесь водятся дикобразы и лисы. Наконец, археологический парк населяют животные, для которых развалины являются идеальной средой обитания: ящерицы, гекконы, ласки, крапивники и летучие мыши.
Лиса
Лань
Нутрия
Фазан
Серая цапля